泌尿及生殖道衣原體感染稱為衣原體尿路感染。使人類致病的衣原體有3種即生殖道沙眼衣原體(CT)、鸚鵡熱衣原體和肺炎衣原體。40%～50%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原體引起。衣原體是介于細菌與病毒之間的細胞內寄生物，直徑250～500nm，用顯微熒光測定法已測知至少有A，B，Ba，C- K，Ll-3等15種血清型，其中8型(D、E、F、G、H、I、J、K)已證實與泌尿生殖道感染有關;D，G，L1，L2與直腸感染有關。不同型別感染引起的泌尿生殖道炎可能對臨床表現有影響;同種血清型衣原體感染的復發與淋球菌合并感染有關。衣原體所致的非淋球菌性尿路感染主要由性交傳播，潛伏期 1～3周。感染特點為男性常感尿道刺癢及排尿微痛，可有尿頻、尿急、尿道口紅腫和少量黏性分泌物溢出。本病臨床表現與淋菌性尿道炎相似，唯程度較輕。部分患者尚可并發前列腺炎、附睪炎及睪丸炎。 女性尿道炎癥狀常不明顯，以黏液膿性宮頸炎最明顯，也可伴有前庭大腺炎、陰道炎、盆腔炎。