南京市雨花臺區婦幼保健所成立于1975年，2004年成為南京市首批省級甲等婦幼保健所，是雨花臺區的婦幼保健指導中心和人口計生服務中心。
南京市雨花臺區婦幼保健所堅持婦幼衛生公益性質，2006年在南京市率先開展免費婚檢服務，2009年率先開展婦女宮頸癌、乳腺癌檢查項目，2010年全面實施農村婦女增補葉酸、農村孕產婦住院分娩補助以及預防艾滋病、梅毒、乙肝母嬰傳播等重大婦幼衛生項目。免費定期舉辦婚育課堂、孕婦學校、家長學校、兒童“康樂”夏令營、“樂視”訓練營。全區婦女兒童健康水平不斷提升，2012年，雨花臺區進入首批江蘇省婦幼衛生先進區行列。
該所積極吸納優質資源，先后成立“南京市婦幼保健院社區婦幼保健基地”、“江蘇省人民醫院雨花眼保健中心”。開設婦科專家門診、孕婦建卡、婦女病查治、宮頸疾病、乳腺疾病診治、計劃生育技術服務、優生優育、更年期保健、兒童體檢、智能發育篩查、眼保健、聽力保健、斜弱視訓練、婦幼營養測評、兒童入園入托體檢等項目。開展嬰兒泳療、兒童早期發展訓練、婦女產后康復、盆底功能康復等特色服務。
南京市雨花臺區婦幼保健所加強內涵建設，與市婦幼保健院建立科研戰略合作關系，并將該所科研工作納入南京醫學科技發展資金平臺，開展常見病、多發病防治的應用性研究，現已開展省、市、區科研課題11項，在國際期刊發表論文1篇，社區兒童眼保健模式多次在全國交流，取得了積極廣泛的影響。
南京市雨花臺區婦幼保健所榮獲江蘇省文明單位、南京市文明單位表彰，被授予江蘇省“群眾滿意醫療衛生機構”、“巾幗文明崗”稱號以及南京市“五一勞動獎狀”，多次被評為雨花臺區先進集體。