安徽省兒童醫院籌建于1982年，1990年開診,在幾任領導班子的辛勤努力下，尤其是2007年以來，在以金玉蓮院長為首的新一屆領導班子的帶領下，全院職工本著“仁愛、厚德、和諧、創新”的治院精神，勵精圖治，不斷創新。現已發展成為全省唯一一所設備先進、學科門類齊全、集醫療、教學、科研、預防、保健、康復為一體的省級大型綜合性三級甲等兒童專科醫院，安徽省兒童醫療協會會長單位，安徽省兒童急救中心，安徽醫科大學臨床學院，北京兒童醫院集團首家成員單位。擔負著全省近2000萬兒童醫療保健任務和危急重患兒的醫療救護工作。
　　醫院占地面積5萬平方米，擁有醫療用房4.8萬平方米，2010年新建的十六層門診住院綜合樓投入使用，2012年老住院樓改擴建工程竣工投入使用。2013年4000平方米的安徽省兒童急救中心樓竣工投入使用。2.7萬平方米的感染性疾病門診住院綜合樓已開工建設，建成后，醫院開放床位將達到1500張。目前醫院開放床位1200張，開設26個病區，11個醫技科室，30個臨床專科。年門診量100萬人次，年出院病人4.8萬人次，年住院手術1.3萬多臺次。全院現有職工1300人,中級以上職稱326人，其中高級職稱110人，擔任省級以上學科帶頭人和學術團體負責人32人。現代化醫療、科研設備不斷充實，2010年利用奧地利政府5000萬元貸款購置的全國一流帶環境體驗的1.5T核磁共振、64排螺旋CT已經投入使用。醫用設備總值達1.5億元，為診斷、治療的高效率、高質量和進行科研提供了雄厚的技術保證。
　　醫院學科門類齊全，內科系統設有新生兒內科、呼吸內科、消化內科、腎內科、血液內科、神經內科、風濕免疫科、感染科、心血管內科等，急救中心設有急診內科、急診外科、院前急救轉運、急診綜合病房、PICU等，外科系統設有普外科、心臟外科、胸外科、神經外科、新生兒外科、泌尿外科、骨科、燒傷整形科、大五官科等。新生兒科、普外科已分別開設兩個病區，呼吸內科已開設三個病區；新生兒科、小兒心胸外科、小兒骨科系安徽省臨床醫學重點學科。醫院同時被評定為全省兒科重癥監護專科護士培訓基地、全省婦幼醫護培訓基地。醫院大力實施科教興院戰略，鼓勵開展新項目，支持臨床科研，在危重新生兒的搶救、小兒先天性食道閉鎖等先天性畸形、小兒腦癱、癲癇、哮喘、腎病、先天性骨關節畸形、小兒先心病診治以及兒童白血病、惡性腫瘤化療、兒童保健等方面均居全省乃至全國領先水平。醫院成為全省兒科的醫、教、研中心。2013年4月安徽省兒童急救中心落戶該院，2013年5月該院正式加入北京兒童醫院集團。
　　醫院先后獲得“全國衛生系統先進集體”、“全國巾幗文明示范崗”、“省直文明單位”、“全國院務公開先進單位”“安徽省誠信醫院”“合肥市消防安全能力建設4A級單位”“全國創先爭優先進集體”等各種榮譽稱號近五十項。
　　在醫院得到快速發展的同時，為迅速改變安徽省目前兒童醫療資源嚴重不足、兒科醫師緊缺的現狀，充分發揮省兒童醫院在全省兒科的龍頭帶動作用，由該院牽頭在全國率先成立了首家兒童醫療協會，為全省兒科醫師搭建一個科研工作、學術交流和業務培訓的平臺。協助衛生廳出臺了《安徽省“十二五”兒童醫療救治體系建設指導意見》；對全省基層兒科醫師進行規范化培訓；成立安徽省兒童急救中心，開通安徽省兒童“120”，構建了一個以省為龍頭，地市縣為樞紐，鄉鎮村為網底的覆蓋全省的五級兒童醫療救治與急診急救體系。
　　新世紀，新機遇，醫院以更好地服務于全省兒童健康事業為己任，加快科技興院的步伐，努力提高醫院的整體實力和競爭能力，把醫院建設成為學科門類齊全、診療手段先進的國內一流的兒童醫院。