安徽醫(yī)科大學附屬巢湖醫(yī)院前身是中國人民解放軍皖南軍區(qū)陸軍醫(yī)院，1951年9月成立于蕪湖市。1952年6月，奉命遷移至肥西張新圩，同年8月集體轉(zhuǎn)業(yè)并移交省衛(wèi)生廳，更名為安徽省第四康復醫(yī)院。1954年3月，遷到巢湖市現(xiàn)址。1960年7月，更名為安徽省立巢湖醫(yī)院，隸屬省衛(wèi)生廳。1969年，巢湖行署成立后，醫(yī)院下放巢湖地區(qū)，更名為巢湖地區(qū)人民醫(yī)院。2000年，巢湖撤地設市，醫(yī)院更名為巢湖市第一人民醫(yī)院。2006年3月，被評為三級甲等醫(yī)院。2011年3月，成為安徽醫(yī)科大學非直屬附屬醫(yī)院。2011年9月，因區(qū)劃調(diào)整，醫(yī)院被劃轉(zhuǎn)為合肥市衛(wèi)生局直屬事業(yè)單位。2012年12月，經(jīng)省人民政府批準，醫(yī)院移交安徽醫(yī)科大學管理，更名為安徽醫(yī)科大學附屬巢湖醫(yī)院。經(jīng)過六十多年的建設和發(fā)展，已成為一所集醫(yī)療、教學、科研、預防、保健、康復等功能為一體的綜合性醫(yī)院。
　　醫(yī)院占地面積17萬平方米，建筑面積8萬平方米。醫(yī)院編制床位880張，開放床位1021張，設置門診部2個，臨床科室32個，醫(yī)技科室10個。在崗醫(yī)護員工1200多人，擁有高級職稱110人（其中主任醫(yī)師23人）、中級職稱310人，安徽醫(yī)科大學碩士點10個，碩士生導師11人。
　　醫(yī)院擁有64排和6排螺旋CT、1.5T超導型核磁共振、中能15兆伏直線加速器、DSA、DR、全自動生化分析儀、數(shù)字彩超、肺功能儀、人工心肺機、多功能數(shù)字化胃腸機、數(shù)字化鉬靶機、電子胃鏡、電子腸鏡、胰十二指腸鏡、腹腔鏡、呼吸機、血透機、手術顯微鏡、關節(jié)鏡等大型醫(yī)用設備，總價值約1.2億元。
　　為加強醫(yī)院內(nèi)涵建設，提高醫(yī)療技術水平，醫(yī)院全面實施科技興院戰(zhàn)略，注重人才培養(yǎng)和學科建設，逐漸形成了院有特色、科有重點、人有專長的格局，神經(jīng)外科、普通外科、婦產(chǎn)科、重癥醫(yī)學科是原巢湖市臨床醫(yī)學市級重點學科。醫(yī)院擁有原巢湖市第五批拔尖人才4人，市第六批拔尖人才2人，市中青年學科帶頭人3人。近3年獲巢湖市科技進步二等獎3項，三等獎1項，通過省級科研成果鑒定4項。
　　醫(yī)院堅持“以病人中心”的服務理念，不斷改善服務態(tài)度，提高服務水平，贏得了社會各界的廣泛贊譽，醫(yī)院的精神文明建設碩果累累。醫(yī)院先后獲得“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體”、“全國百姓放心示范醫(yī)院”、“全國巾幗文明示范崗”、“全國工會女職工先進集體”、省“十佳醫(yī)院”、省“醫(yī)德醫(yī)風示范醫(yī)院”和“誠信醫(yī)院”、省廠務公開民主管理工作先進和示范單位、省“三下鄉(xiāng)”先進集體、省青年文明號、省級園林式單位等光榮稱號。