福建中醫學院附屬第二人民醫院創建于1990年，又名福建省第二人民醫院，福建中醫學院第二臨床醫學院。經過十多年的發展，已成為集醫療、教學和科研為一體的綜合性中醫醫院。院本部開放床位432張，年門診病人逾60萬人次。員工880人，其中正、副主任醫師、教授118人，博士、碩士74人。
醫院臨床科室齊全，脾胃、康復、心力衰竭、中西醫結合腦血管病為福建省中醫重點專科。體檢中心、康復中心、血液凈化中心躋身省內**醫療特色專業。中醫骨傷病學專業也是我省"211"工程**的中醫臨床重點學科。腫瘤、泌尿、肛腸、乳腺、頸椎病、老年醫學、肝膽外科、醫學美容、微創、介入、影像等專業的診療技術也有突出的優勢。近年來，在堅持中醫特色與優勢的同時，開展了大量的新技術、新項目，其中肝移植、腎移植、角膜移植手術的例數及成功率均達省內**水平，13公斤以下兒童腎移植**。肝膽結石鏡下取石治療手術、逆行性胰膽管造影（ERCP）、腹腔鏡、宮腔鏡、關節鏡、泌尿系結石和前列腺疾病的腔鏡、心臟及外周血管介入治療、消化道腫瘤、腫瘤圍手術期中藥治療等技術已達到國內先進水平。
福建中醫藥研究院臨床研究所、福建中醫學院針灸研究所、福建正清司法鑒定所等研究所和研究機構掛靠我院。建有兩個國家中醫藥科研二級實驗室、一個中心實驗室、一個干細胞實驗室。近年來承擔衛生部、科技廳等大量科研課題，在國家、省級以上專業刊物發表的論文及獲得的國家、省部級等科研成果獎的數量名列全省中醫系統前列。開展包含DNA測序、干細胞、指紋圖譜的科研實驗。
福建中醫學院第二臨床醫學院下設11個臨床教研室、2個博士學位授權點和6個碩士學位授權點，每年還招收培養博士和碩士學位研究生40名。醫院十分重視加強國際學術交流，每年均派出多名管理人員及技術骨干赴國外及港、澳、臺地區學習、考察和學術交流。同時，還邀請國外專家來院進行講座、學術交流。
醫院具有濃厚的中醫特色，研制的中醫藥制劑達200多種。中藥處方量每月逾兩萬張。
醫院先后被授予全國衛生系統先進集體、全省先進基層黨組織、福建省直精神文明單位、等稱號。醫院全體醫務人員秉承“想病人所想，做病人所想，一切以病人為中心”的服務理念，竭誠為海內外人民的健康提供優質的服務。福建中醫學院附屬第二人民醫院所獲榮譽近年來承擔衛生部、科技廳等大量科研課題，在國家、省級以上專業刊物發表的論文及獲得的國家、省部級等科研成果獎的數量名列全省中醫系統前列；醫院先后被授予全國衛生系統先進集體、全省先進基層黨組織、福建省直精神文明單位、等稱號。福建中醫學院附屬第二人民醫院
