山東中醫藥大學第二附屬醫院的前身是濟南鐵路中心醫院，創建于1904年，是山東省首批、濟南市第一家綜合性三級甲等醫院，2004年12月整建制移交山東中醫藥大學管理，成為山東中醫藥大學第二附屬醫院暨第二臨床醫學院。2007年9月，被山東省政府確定為山東省中西醫結合醫院，成為全省唯一的省級中西醫結合醫院。國際愛嬰醫院、國家中醫藥管理局“治未病”預防保健試點單位、國家中醫藥管理局批準納入全國重點中西醫結合醫院建設單位。
　　醫院占地總面積5.18萬平方米，建筑面積7.34萬平方米。擁有先進的超導型磁共振、多層螺旋CT、DSA、ECT、DR、數字胃腸機、心臟彩超、超級準分子激光儀等大型醫療設備，是集醫療、教學、科研、預防保健、康復為一體的綜合性醫院。醫院現有職工1169人，其中專業技術人員1013人，高級職稱194人，博士后、博士、碩士161人，教授、副教授132人，博士生、碩士生導師27人；擁有享受國務院特殊津貼專家、國家優秀中醫臨床人才、山東省泰山學者特聘教授、山東省有突出貢獻中青年專家、山東省名老中醫藥專家、山東省千名知名技術專家、山東省中醫優秀學科帶頭人、山東省衛生系統杰出學科帶頭人等高級醫學人才15人；10人擔任省級中醫、中西醫結合專業委員會主任委員，89人擔任國家、省、市級專業委員會主任、副主任委員。
　　目前，醫院下設40個臨床醫技科室、一個門診部、一所施爾明眼科醫院和8個社區衛生服務中心（站）。擁有國家中醫藥管理局“十一五”重點專科（病）2個（眼科、神經內科）、國家中醫藥管理局重點學科1個（中西醫結合臨床）、山東省泰山學者特聘教授設崗單位1個（眼科）、國家衛生部技術準入專科1個（生殖醫學科）、國家工傷康復試點機構1個（康復醫學科）、國家中醫藥管理局中醫藥科研三級實驗室2個（視覺分析實驗室、輔助生殖技術實驗室）、山東省中醫藥管理局重點專科4個（神經內科、腎病診療中心、眼科、康復醫學科）、山東省高校“十一五”重點實驗室1個（中西醫結合IVF實驗室），山東中醫藥大學重點學科3個（眼科、婦產科、兒科）、山東中醫藥大學新辦專業1個（眼視光學專業）、眼科學碩士學位授予點1個、省級社區衛生服務示范機構2個（二七辦事處鐵路社區衛生服務中心、白馬山辦事處鐵路社區衛生服務站）、市級社區衛生服務示范機構4個（老屯、東郊、黃臺、堤口辦事處鐵路社區衛生服務站），院級中西醫重點專科10個（眼科、康復醫學科、職業病科、骨科、神經內科、心血管內科、呼吸內科、內分泌科、腎病診療中心、生殖醫學科），并設有濟南市120急救分中心、腦血管病搶救治療中心、血液凈化中心、睡眠治療中心、健康體檢中心、健康保健中心等。
　　近年來，醫院始終堅持“中西醫結合、特色發展”的辦院方向，完成國家級課題17項，省部廳級科研課題、成果223項，國家專利22項。先后獲得山東省百佳醫院、山東省衛生系統文明單位、山東省衛生系統誠信醫院建設先進單位、山東省醫療保險目標規范化管理先進單位、濟南市醫療保險目標規范化管理A級信用單位、山東省惠民醫療先進單位、全省醫院管理和醫政管理先進集體、全省衛生系統抗震救災先進集體、全省中醫工作先進集體和第十一屆全國運動會醫療衛生保障工作先進集體等榮譽稱號。
　　今后，醫院將按照《山東省人民政府關于扶持中醫藥事業發展的意見》（魯政發〔2009〕89號）精神，以創建全國重點中西醫結合醫院為目標，突出中醫藥特色，發揮中西醫結合優勢，完善綜合服務功能，進一步提高醫療質量和服務水平，逐步建成功能齊全、特色明顯、服務一流的現代化中西醫結合醫院，成為我省中西醫結合醫療、教學、科研龍頭單位，為弘揚祖國傳統醫學，促進經濟社會發展和提高人民群眾健康水平做出更大的貢獻。