菏澤傳染病醫院(菏澤市腫瘤結核病防治院)始建于1953年，2003年7月菏澤市委、市政府為加強我市傳染病救治工作，有效抗擊烈性傳染病，切實保障人民的身體健康，決定在原結核病醫院的基礎上組建成立菏澤市傳染病醫院，編制161人，高級技術人員21人、中級技術人員72人。2004年4月，油才坤任院長和黨總支書記、趙玉貞、黃明亮、張玉福任副院長，不辜負市委、市政府的重托和人民的厚望，帶領全院職工只爭朝夕、開拓進取、艱苦創業，經過四年的努力，創建了一流的市傳染病醫院。
硬件建設，2006年6月，國家投資1000萬元興建的6200平方米病房大樓投入使用，設立病床200張；病床配置為單搖和雙搖可移動式病床；其中四、五層為負壓病房。病房設有獨立衛生間，安裝有空調、電視機、淋浴熱水器和網線等，配有中心供氧、負壓吸痰及呼叫系統；病房樓設有三部電梯，供醫務人員、病員及污物外運分別使用。
相繼購置了西門子雙排CT等大型設備、移動X機、全自動生化分析儀、血氣分析儀、電子胃鏡、電子纖支鏡、進口心、腹、腦彩超、12臺進口呼吸機、35臺心電監護儀、優質鈷-60放射源等一批現代化的醫療設備，填補醫院空白。
醫院業務不斷拓展，在鞏固結核病治療優勢專業的基礎上，2006年，成立肝病治療中心，還設有結核科、神經內科、外科、急診科、腫瘤科、性艾科等25臨床和醫技科室；性病、艾滋病、外科及綜合內科業務開展良好。醫務人員中有3/4先后派往北京、濟南等上級醫院輪番進修，為醫院的發展帶來新知識、新技術、新的管理理念，為傳染病救治提供了有力的醫療技術保障，從而結束了無力派員進修的歷史。
2004年11月27日，菏澤市防癆協會在本院成立，并與省胸科醫院建立友好協作關系，同時，省胸科醫院無償贈送價值180萬元的DR機。
2005年11月28日：醫院污水通公路并網管理工程完工，解決了該院50多年來懸而未決的難題。
2006年12月1日：醫院門診樓改造工程完工并投入使用，歷時三個月的緊張施工，投資110萬元，增加實用面積500平方米，擴展、優化了門診大廳。
2006年12月，以油才坤院長為核心領導集體，克服困難，拔掉醫院門口的“釘子戶”，從此，把醫院推向城市公路旁的顯要位置，投資32萬元，新建大門，成為北城靚麗的景點。
2006年，與北京佑安醫院、北京航天醫院建立友好合作關系，并加入由全國54家醫療單位參加的北京佑安醫療聯盟，
2007年1月，新建檔案室，引進全市一流的存檔設備――密集架、安裝了空調、裁紙機，配置了微機、復印機、掃描儀等。
2008年1月12日，醫院病房大樓榮獲山東省建設廳、山東省建筑工程管理局、山東省建筑業協會頒發“泰山杯獎（省優質工程）”。
2009年3月始，我市手足口病疫情爆發，且重癥較多，病情加重進展迅速，醫院臨危受命，成為定點醫院，擔當全市重癥患兒救治任務，市委、市政府、市衛生局集結的救治團隊，在院領導帶領下，在省級醫院的專家指導協助下，不負黨和人民的重托，舍小家顧大家，置父母、孩子、甚至本人患病于不顧，不怕疲勞，無私奉獻，連續80多天日夜奮戰在救治一線，做到服務好、質量好、讓病人滿意，截稿時2000名患兒治愈出院，無一例差錯、糾紛發生。醫院以高尚的醫德醫風、精湛的醫術、優質的服務、規范的管理、一流的病房大樓、優美的住院環境，充分展示了一流傳染病醫院的風采，樹立了衛生系統的良好形象，傳遞了黨和政府對人民群眾深切的關懷和溫暖，經受了嚴峻的疫情考驗，圓滿完成黨和政府賦予醫院的職能，贏得各級領導、患兒家長和社會各界的高度贊揚，2009年4月19日，陳竺部長來醫院視察，對副省長王隨蓮、衛生廳長包文輝說：這個醫院在省里都是很好的，在全國也是很好的，是全國的模范病房。
建院50多年，通過幾代人的不懈努力和文化積淀，打造了傳染病醫院全新的品牌，醫院文化建設、硬件建設、內涵建設碩果累累。為菏澤經濟社會的和諧發展做出積極貢獻。
幾十年來醫院先后榮獲的主要榮譽：全國結核病防治先進單位和個人、山東省誠信醫療衛生單位、山東省衛生系統工會工作先進集體、全市計劃生育工作先進單位、全市三八紅旗集體、全市衛生工作先進集體、全市醫保工作先進單位、全國百姓放心傳染病專科示范醫院、全市思想政治工作先進單位、全市職業道德先進集體等多項榮譽稱號。