根據黨中央、國務院全面加強疾病預防控制體系建設的指導思想，2003年11月28日，河南省機構編制委員會正式批準，在原河南省衛生防疫站和河南省結核病防治研究所的基礎上組建河南省疾病預防控制中心，機構規格為副廳級，核定事業編制470人，經費實行全額預算管理，作為政府舉辦的實施疾病預防控制、公共衛生技術管理與服務的公益性事業單位。2004年6月11日，河南省疾病預防控制中心正式成立。
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