巴東縣中醫醫院初建于1953年4月，時由城關地區散在的9名個體醫生集資入股，在老城解放街55號租用民房組建城關鎮中醫聯合診所。1956年擴充組建縣中醫聯合醫院，移址中山街43號。11月1日改為巴東縣中醫醫院。1961年9月7日恢復為巴東縣中醫聯合醫院。1970年，對原有病房翻修，有職工29人。1971年11月30日，縣中醫聯合醫院并入縣人民醫院，擴充其中醫科。
1983年6月，縣人民政府批準重新籌建巴東縣中醫醫院，縣財政局、縣衛生局拔開辦費3萬元，抽調醫藥人員17人，借用恩施地區農機公司轉運倉庫（老城葵花街23號），8月8日正式開業。
1985年6月，又租用鄂西州食品公司巴東站房屋一棟，開設病床20張，時有職工35人。1989年，三峽工程移民遷建啟動，投資80萬元在新城黃土坡金堂路新建磚混結構住院綜合樓一棟，面積2700平方米，1990年正式遷入。
1991年至1995年間，因遭受自然災害，市場競爭激烈，業務收入步入低谷，人均工資只能發60%，職工情緒低落，人心思走，調離“下海”，發展受到制約。1995年7月，在縣委、縣政府、縣衛生局重視下，充實調整領導班子，出臺發展方案、整改措施，提出“醫療是中心、醫德是靈魂、質量是生命、質控是關鍵、科研是先導”的建院原則；以抓改革促活力、抓管理求生存、抓基礎求發展、抓質量求效益為目標，組織中層以上干部走出院門到本省10多家醫療單位參觀取經，修改各類管理制度108條，優惠政策20條，職工積極性大為增強、兩個效益明顯提高。1996年，衛生改革深化，醫院分級管理啟動，經全院職工3年不懈努力，1998年10月，順利通過省“二甲”評審團驗收，成為國家“二級甲等中醫醫院”。
因黃土坡屬深層地質滑坡區，縣中醫院1998年度在新城西壤坡楚天路征地9.53畝，新建職工宿舍一棟共28套，投資400萬元，新建6300平方米業務綜合大樓一棟，投資800萬元。2004年5月18日全院遷入新址。
2003年，該院為全縣事業單位人事制度改革試點，按照國務院、省、州、縣要求，全院職工變身份管理為崗位管理，變行政管理為合同管理，人員能進能出，職稱、職務能上能下，待遇能升能降，使職工認識到“今天不愛崗，明天就下崗，今天不敬業，明天就失業”的緊迫感。
在兩個文明與醫德醫風建設中，始終堅持“兩手抓，兩手硬”的方針，自1996年開展精神文明創建活動以來，開展了“三學、三愛、三優”，爭創“五好班子”、“青年文明能手”、“十佳護士”活動，免費接診病人5000余人，送藥下鄉免除藥費3萬余元，為溪丘灣鄉石羊山村邦扶點送辦公用品、藥品器械3500元。2004年，在“關愛女孩”活動中，為信陵鎮地區3位生育一胎女孩的農戶送人壽保險3000元，為困難群眾送溫暖，獻愛心。2004年2月21日，青年護士王飛越病危時留下遺囑，自愿捐獻眼角膜，全國多家新聞媒體報道了她的事跡，引起社會強烈反響。州衛生局領導率州直衛生系統負責人，專程來院召開學習王飛越座談會。縣委宣傳部、縣總工會、縣婦聯，發出向王飛越學習的號召，縣衛生局號召全縣衛生系統學習。該院以演講會、報告會、座談會等形式開展向王飛越學習熱潮，將內兒科護理組命名為“飛越護理小組”。11月，武漢市殘聯、武漢艾格眼科醫院、巴東縣殘聯與該院聯合舉辦紀念王飛越“助困復明”工程啟動儀式，免費為20例白內障患者施行手術。
在業務建設中，堅持“以人為本、科技強院、發展專科特色、走中西醫結合”方針，每年選送業務骨干到武漢同濟醫院、協和醫院、省中醫醫院、中南醫院等進修學習，將引進人才與培養人才相結合，技術實力大為加強。近年來，成功開展了橋腦腫瘤摘除術、肝葉切除術、肺葉切除術、乳腺癌根治術、椎間盤切除術等大型高難度手術，改變了中醫院只能看“小病”不能看“大病”，只能看平診，不能治急診，只能清創縫合，不能做手術的局面。巴東縣中醫院所獲榮譽巴東縣中醫院
