中國醫科大學附屬第二醫院二部座落在全國最大的居民住宅區--沈陽市鐵西區滑翔小區內。其前身是創建于1994年6月的中國醫科大學附屬第三醫院，2002年10月由中國醫科大學附屬第二醫院接管，易名為中國醫科大學附屬第二醫院二部。二部現有床位208張，職工273人，其中碩士生導師10人，副高級職稱以上20余人，同時本部專家每天輪流去二部出診、查房、會診及手術。二部設內科、神經內科、外科、神經外科、婦產科、兒科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、放射線科、檢驗科、病理科、功能科、藥局、麻醉科、手術室、透析室等二十個醫療和醫技科室。擁有大型設備包括：全身CT、大型X光機、彩色多普勒、B超、血液透析機、全自動生化分析儀等。開展新技術新項目包括：心臟內科人工起搏器的安裝置入、心臟射頻消融術；外科經腹腔鏡膽囊、闌尾切除術，包膜外剝除肝巨大海綿狀血管瘤；婦產科應用腹腔鏡開展了卵巢瘤核除術、子宮粘膜下肌瘤切除術、宮外孕輸卵管切除術等；眼科利用超聲乳化手術儀開展白內障人工晶體植入術；兒科應用霧化吸入療法治療兒童哮喘和毛細支氣管炎；骨科開展了骨科領域相對復雜的手術，如頸椎病、脊柱側彎矯形等。近年來，二部共承擔國家、省、市科研課題7項，其中獲省科技成果獎3項，市科技成果獎2項，市科技進步獎2項，發表國家級論文136篇。沈陽市兒童哮喘病治療中心也設在此。二部還承擔著中國醫科大學日文醫學班部分課間和臨床實習任務。