長春市兒童醫院始建于1957年6月1日。內設長春市兒童醫學研究所、長春市殘疾兒童康復中心。是一所集醫療、科研、教學、康復為一體的吉林省唯一一所大型綜合兒童醫院，1994年被衛生部命名為三級甲等醫院。2000年經吉林省衛生廳批準成立了吉林省兒童重癥疾病治療中心。2002年經長春市衛生局批準成立了國內首家長春護理管理集團。現為吉林大學教學醫院、碩士生基地、吉林省護理培訓基地、國際緊急救援中心網絡醫院。并與北京兒童醫院聯合成立了專家會診中心。
　　長春市兒童醫院在職職工922人，衛生技術人員697人，其中主任醫師27人，副主任醫師86人，中級職稱244人，有9人享受國務院政府特殊津貼，2人享受市政府特殊津貼。省級拔尖人才1人，市級拔尖人才3人，市級學科帶頭人12人，兼職教授、副教授25人，碩士生導師7人。
　　長春市兒童醫院設有急診、內、外、五官、皮膚、口腔等21個臨床科室，新生兒內科為市級重點專科，7個醫技科室，兒病研究室為省級重點研究室。全年就診患兒37萬人次，住院患兒近13,000人次。近年來，醫院先后建立了心理咨詢、腦癱康復、中醫中藥、矮小、肥胖、哮喘、癲癇、兒童驅鉛、兒童營養、兒童女科、少男少女、近視弱視等眼病治療、驗光配鏡、口腔正畸等13個特色門診。針對兒童特點建立了物理治療中心，開展了26種新療法。建起了門診急診監護室（ICU），進一步完善了急診綠色通道。為滿足先天性心臟病患兒的就醫需求，醫院建立了小兒心胸外科，成功實施心臟手術，目前無一例死亡。為方便患兒的需求，醫院還設立了特需病房，集整體護理與家庭式服務于一體，取得了良好的社會效益。醫院在靜點觀察療區精心修建了兒童樂園，配備了電視動畫片，消除了患兒就醫的恐懼和家長的煩躁心理。
　　建院49年來，醫院共有37項科研成果榮獲省、市科技進步獎，研究成果達國內先進或領先水平，榮獲省、市新技術引進獎64項，國家專利5項，國家級論著11部。其中護理科研5項，2項獲國家專利。
　　長春市兒童醫院現擁有全身CT、DR、彩超、體外循環機、小兒麻醉機、小兒呼吸機、全自動生化分析儀、尿流式細胞計數儀、血凝儀，原子吸收分光光度計、動態腦電圖儀、生理監測儀等一大批國內外先進的醫療設備。