哈爾濱工程大學醫院創建于1953年。它隨著哈爾濱軍事工程學院的誕生應運而生，是一所融醫療、急救、預防、保健等功能為一體的綜合性醫院。50多年來，經過幾代醫療衛生人員的不懈努力，現已發展成為學校師生員工及校區周邊地區急診急救、醫療服務、預防、保健中心。
醫院以“患者至上，親情服務”為院訓，把“以病人為中心，以質量為核心”做為醫院工作的總軸心。在工作中以人為本，尊重、關心、幫助每一位病人，把病人的“滿意度”做為醫院工作永恒的追求。在醫療服務中切實提高服務質量，確保安全，多次成功搶救急性腦出血、腦梗死、心肌梗死、急性重癥胰腺炎等危重病例，贏得了患者及周邊群眾的廣泛好評。
2001年學校對醫院進行了整體搬遷和擴建，改建后的醫院環境優美，布局合理，功能齊全。現醫院坐落于校區內軍工操場的西南角，左鄰學校招待所、右鄰學校體育館，占地面積3000多平方米，醫療用房面積5000多平方米。擁有一支較強的醫療技術骨干隊伍，在67名職工中，正、副主任醫師16人，中級醫技人員18人。設15個科室，內、外二個病區，開放床位58張。
學校對改建后的醫院投入了大量的資金，用于購買先進的醫療診斷設備和儀器。現有美國GE螺旋全身CT、美國GE公司LOGIQ5彩色超聲診斷儀、美國貝克曼全自動生化分析儀、菲利浦24小時心電監護儀、多功能床邊監護儀、纖維胃鏡、遙控X光機、X線骨密度測量儀和鼻內窺鏡等大型先進設備。
隨著校醫院人員素質、整體水平和醫療硬件設施的不斷完善，2004年9月3日校醫院與哈醫大**臨床醫學院正式結為協作醫院。從而使校醫院充分利用哈醫大一院在學科、人才、技術、設備資源方面的優勢，更好地為學校教職員工提供優質的醫療服務。同時，使校醫院在醫療技術、人才培養、繼續教育、臨床醫學研究和醫院管理水平等諸多方面取得長足發展。為危重病人的搶救、疑難病的診治提供了強有力的保障。2005年，為提高醫院質量管理水平，使醫院質量管理與國際標準接軌，提供高質量的醫療服務，醫院在全省高校醫院中**個參加了ISO9001認證，并順利通過！
幾十年來，醫院堅持以病人為中心，不斷強化服務意識，深化改革，求真務實，開拓進取，醫院各項工作有了長足發展。曾先后獲得省文明醫院等項光榮稱號，在2003年抗擊非典的戰斗中，醫院被黑龍江省委、省政府授予"防治非典型肺炎工作先進集體。哈爾濱工程大學醫院所獲榮譽曾先后獲得省文明醫院等項光榮稱號，在2003年抗擊非典的戰斗中，醫院被黑龍江省委、省政府授予"防治非典型肺炎工作先進集體。哈爾濱工程大學醫院
