哈爾濱市疾病預防控制中心成立于2003年，是由原哈爾濱市衛生防疫站、哈爾濱市職業病防治院、哈爾濱市地方病防治站和哈爾濱市健康教育所四家單位合并組建而成。是政府設置的實施疾病預防控制和公共衛生技術管理與服務的公益性事業單位，是全市疾病預防控制和衛生檢驗檢測的技術指導與服務中心。

哈爾濱市疾病預防控制中心位于哈爾濱市道外區衛星路30號，占地面積2萬平方米，建筑面積2萬平方米。整體規劃分為四個區，即辦公區、實驗區、附屬區、消毒隔離區。其中辦公區8層，實驗區共6層。在實驗區設置了4個P2（生物安全Ⅱ級）實驗室和百級、千級、萬級等共11個重點實驗室。主要承擔著全市疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處理、衛生檢驗、預防接種和健康體檢工作。中心現有職工373人,其中大專以上學歷279人（研究生20名、本科151名，大專108名）；有**職稱102人，中級職稱110人;專業技術人員達到82%。