黑龍江省中醫研究院的前身是成立于1957年的“黑龍江省祖國醫藥研究所”（俗稱“祖研”），是全國成立最早的省級中醫藥科研醫療機構之一。隨著規模的發展和功能的不斷健全，1985年更名為“黑龍江省中醫研究院”。為了充分發揮醫院的中醫醫療優勢，1995年經黑龍江省編委批準加掛了“黑龍江省中醫醫院”的牌匾，同年被評為三級甲等中醫醫院；現已發展成為集醫療、科研和研究生教育于一體的綜合性中醫藥科研醫療機構。先后被確定為黑龍江省和哈爾濱市城鎮職工醫療保險和哈爾濱鐵路醫保定點醫院。先后兩次榮獲衛生部、國家食品藥品監督管理局、國家中醫藥管理局聯合授予的“全國衛生系統先進集體”的榮譽稱號。2008年被國家中醫藥管理局確定為重點中醫院建設項目單位。2009年被國家科技部確定為中藥研發技術創新服務平臺建設單位。2010年在國家中醫藥管理局中醫醫院管理年活動檢查評估中取得黑龍江省第一名、全國第五名的好成績。2010年被黑龍江省委、省政府評為推進八大經濟區和十大工程建設先進單位。

　　醫院占地面積20000平方米，建筑面積50000平方米。醫院現有人員1192人，其中在編職工526人，聘用人員666人,在崗專業技術人員980人,在編人員中具有正、副高級職稱專家222人，其中享受省政府和國務院特殊津貼專家22人，國家級名中醫和省級名中醫20人。醫院現有國家臨床重點專科2個，國家中醫重點專科(專病)4個，國家中醫藥重點學科4個，國家中醫重點研究室1個，國家三級實驗室5個，省政府重點學科7個，省級重點實驗室1個，省衛生廳重點學科7個。同時醫院下設中藥、中醫臨床和針灸經絡研究所3個，國家中藥劑型改革基地設在醫院。

醫院醫療部分編制床位1006張,設內、外、婦、兒、骨、針灸、推拿、口腔、眼科等醫療一級科室19個，醫療二級分科16個，專科專病診室30個，設CT、核磁、DR、彩超、鉬靶、檢驗等醫技科室23個，其中腎病科、心血管科、針灸科、皮膚科為國家中醫重點專科；腎病科、中藥劑型、針灸科、皮膚科為國家中醫藥重點學科；內分泌科、脾胃病科、肺病科為省政府重點學科。其中腎病科在全國所有中醫重點專科中規模最大，擁有固定床位350張，腎病免疫實驗室為國家三級實驗室；針灸科設床位235張，并配有功能齊全的現代化康復中心。

在研究生教育方面，醫院擁有一級學科中醫學、中西醫結合、中藥學的碩士學位授予權，碩士研究生導師55名，博士研究生導師6名，現在院研究生130名。1999年醫院被人事部批準為博士后科研工作站，現已有9名博士后出站，有4名博士后在站工作。

建院以來，醫院共取得科研成果343項，其中獲得部省級以上科技獎勵110項，目前醫院已承擔部省級以上課題131項，其中國家級10項，部省級62項。共研制出中藥新產品43個投放市場，其中包括“刺五加”、“滿山紅”、“注射用雙黃連粉針劑”等具有里程碑意義的名牌產品，據不完全統計，2009年醫院轉讓黑龍江省企業的中藥產品年創產值近10億元，約占黑龍省中藥產值的1/4，其中“雙黃連粉針劑”自投產以來已創產值達35億元以上，為黑龍江省醫藥工業和中藥產業化發展提供了強有力的科技支撐。