敦煌市中醫院始建于1983年，是全省同級中醫醫院的首批“二級甲級等在醫醫院”和“愛嬰醫院”。占地面積6231㎡，建筑面積12100㎡，固定資產2020余萬元，開設病床150張。現有職工190人，其中衛生技術人員148人，高級職稱5人，中級職稱25人，高中級技術人員占衛生技術人員總數的20%。擁有CT、進口彩超、血液透析儀、電視胃鏡、500mA電視X光機兼數字減影、CR、經顱多普勒、全自動生化分析儀、全自動精子質量分析儀，德國進口膀胱鏡、前列腺汽化電切鏡，美國進口動態心電血壓監測儀，眼底熒光血管造影儀、耳鼻喉綜合檢測儀、微量元素測定儀等先進醫療設備150余臺件。設有中西醫結合內、外、婦、兒、急診、眼、耳鼻咽喉、口腔、肛腸、泌尿、骨傷等23個臨床科室和放射、檢驗等6個醫技科室和1個分院、4個社區服務門診點，是管理科學、設備先進、醫療服務范圍、醫療技術水平較高的綜合性中醫醫院。

敦煌市中醫院近年來堅持“中醫為主、中西醫結合”的辦院思想，堅持“以人為本、科技興院、專科帶院、服務活院”的辦院思路，把突出中醫特色，強化專科專病，搞好中醫藥科研作為重點，不斷加強內涵建設，大膽探索人事、分配制度的改革，使醫院向高效、優質、低耗的管理模式發展，滿足了不同層次人群的醫療保健需求。中西醫結合眼科、肛腸科、泌尿科、創傷科、針灸推拿科、糖尿病、風濕病、哮喘病等專科專病已形成輻射周邊縣區的特色醫療。有“自制風濕Ⅱ號電離子導入治療風濕類疾病”、“滋腎蓉精降糖膠囊治療Ⅱ型糖尿病”、“白內障囊外摘除加入工晶體植入術的臨床應用”等20余項科研成果分別榮獲地、市級科技進步獎，有“黃芪注射液治療急性黃疸型甲型肝炎60例”、“化瘀消癖膠囊治療乳腺腺病和乳房纖維囊性增生癥258例臨床總結”等160余篇學術論文在國家級、省級刊物上發表。

敦煌市中醫院先后榮獲甘肅省誠信建設單位示范點、地級文明單位、全市窗口行業創建文明系統示范點、誠信單位、“三&五”普法先進單位、思想政治工作先進集體、民族團結先進集體等榮譽稱號，同時，長期承擔甘肅中醫學院、省中醫學校、酒泉衛生學校等院校的教學醫院工作，并被確定為本市人壽保險公司定點醫院和遠涉青海海西州、阿克塞等周邊地區的醫保定點醫院。