1951年政務院正式批準在衛生部下建立針灸療法實驗所，下設門診部，廣泛開展針灸醫療并培訓針灸人才。
　　1955年中國中醫研究院成立，經中央文委批準，針灸療法實驗所改名為中醫研究院針灸研究所，設有五個針灸治療室、X光室、化驗室以及生理、生化解剖等基礎研究室。
　　1983年，針灸研究所被確定為世界衛生組織傳統醫學（針灸）合作中心，門診開展了以針灸為主治療神經循環運動消化呼吸內分泌泌尿生殖系統以及疼痛性和疑難雜癥，均取得良好效果，受到患者好評。
　　2003年針灸研究所門診部通過加強內涵建設，提高服務質量，實現了計算機聯網管理，年底，被評為北京市醫保定點單位，使服務質量和門診量得到了進一步提高。
　　2005年11月中國中醫研究院更名為中國中醫科學院，同時決定將針灸研究所門診部變更為“中國中醫科學院針灸醫院”，并由上級衛生主管部門頒發了中國中醫科學院針灸醫院執業許可證。
　　中國中醫科學院針灸醫院是以針灸為主的綜合性醫療機構，科室設施較全，擁有一支高年資、高水平的臨床隊伍，開設了內、外、婦、兒、皮膚、五官、口腔、腫瘤、骨傷、按摩以及中醫、針灸等20多個臨床科室，共有醫務人員百余名，在針灸治療各種疼痛性疾病、冠心病心絞痛、高血壓、缺血性血管病、胃下垂、良性甲狀腺結節、單純性面神經麻痹、肩關節周圍炎、頸椎病、中心性視肉膜脈絡膜病變以及針灸養生保健、抗疲勞、抗衰老等方面均取得了較好的效果。
　　中國中醫科學院針灸醫院將竭誠為海內外患者提供醫療保健服務。