北京老年醫(yī)院是由北京胸科醫(yī)院轉建而來，北京胸科醫(yī)院是由成立于1949年中共中央華北局干部療養(yǎng)院沿革而來。隨著新世紀的到來，我國已快速步入老齡社會。據(jù)北京市老年病治療研究中心調查結果顯示：北京市老年人口到2000年已經(jīng)增至188萬，其中，有超過1/4需要住院的老年人，因無床位或住院費太貴不能住院，66.3%的老年人，因看病手續(xù)繁瑣而自己買藥吃。據(jù)預測，到2025年以后，北京市60歲以上的老年人，將占全市人口的30%左右，人數(shù)將超過400萬。老年人絕對數(shù)量的迅速增長，給老年人的醫(yī)療衛(wèi)生、保健服務工作提出艱巨的任務。為了滿足老年人醫(yī)療保健的需要，北京市政府、市衛(wèi)生局決定建一所市級老年醫(yī)院，于2001年10月25日，即“重陽節(jié)”的時候，北京胸科醫(yī)院正式加掛北京老年醫(yī)院院牌。這是2001年市政府為群眾辦的60件實事之一，是北京市“十五”規(guī)劃項目，受到市長、市衛(wèi)生局領導的高度重視。

北京老年醫(yī)院在2003年春季抗擊“非典”的戰(zhàn)斗中，是全市第一批收治“非典”定點醫(yī)院。市政府、市衛(wèi)生局果斷決策，醫(yī)院臨危受命，幾天之內(nèi)由一所初建規(guī)模的老年醫(yī)院緊急轉為“非典”專收醫(yī)院，成為首都抗擊“非典”的主戰(zhàn)場。在3個月的時間內(nèi)，共收治“非典”患者453名，是北京市收治“非典”患者最早、最多、最重、工作壓力最大的醫(yī)院之一。胸科醫(yī)院的醫(yī)護人員在艱難困苦的條件下，以大無畏的精神，決戰(zhàn)在沒有硝煙的戰(zhàn)場上，舍生忘死，默默無聞，無私奉獻，全力搶救“非典”患者，為首都抗擊“非典”做出了巨大的貢獻。先后獲得《全國五一勞動獎狀》、《首都五一勞動獎狀》、《全國防治非典型肺炎工作先進基層黨組織》、《首都防治非典型肺炎工作先進基層黨組織》、《全國衛(wèi)生系統(tǒng)抗擊非典先進集體》等9項殊榮。