東方肝膽外科醫院長期堅持醫、教、研相結合東方肝膽外科醫院門診樓，在原發性肝癌的早期診斷和治療，中晚期肝癌的綜合治療，原發性肝癌術后抗復發治療，腫瘤的免疫治療、介入治療，復雜膽道疾病的手術治療，肝膽疾病的內窺鏡治療，以及肝移植等方面均居國內外先進水平。不僅采用傳統的外科手術治療方法，還采取了微波方法、射頻方法、氬氦刀方法、激光光敏技術、肝內腫瘤酒精注射療法和經股動脈至肝動脈插管加栓塞療法等。醫院年門診量7萬多人次，年收治住院病人11000多人次。至2004年12月止，吳孟超率領同事們已成功實施肝臟切除手術近17000例，積累了國際上最大宗的肝癌病例庫和標本庫，手術成功率達到98.5%，術后5年總生存率達48.6%，小肝癌術后5年生存率達79.8%，術后生存時間最長的已達40年，病人至今健在。肝癌切除例數、切除率、生存率等指標均處于國際領先水平。1996年成功施行肝移植5例，最小的病人年僅9歲。除1例術后半年，因原有的肝炎急性發作導致暴發性肝炎死亡外，其他4例均得以長期生存，最長已健康生活了8年，今年已大學畢業。目前肝移植已成為該院常規治療方法之一。近5年來，收治復雜膽管損傷及高位膽管狹窄病人620人次，施行術后復雜肝膽管結石的系列化手術治療1930例，收治高位膽管癌近251例，其治療效果均處國內先進水平。