1990年11月12日武警上海市總隊醫院新院成立。十年來，醫院在上級首長的殷切關懷和地方政府的大力支持下，堅持“科技興醫，質量建院”的方針，經過“三年打基礎，五年求發展，十年創一流”的艱苦創業，已建成具有一定規模，集醫療、科研、教學、康復為一體的綜合性醫院。1995年11月在武警部隊內首家通過三級乙等醫院評審，被總部衛生部評為先進醫院。武警上海市總隊醫院編制床位300張，設10個病區，26個臨床專業，12個門類較全、檢測手段較為先進的輔診科室和其他業務科室。武警上海市總隊醫院把握“質量建院，科技興醫”的方向，加大了質量督查力度，增加了資金投入，近年來獲武警部隊科技進步二等獎3項。醫院重視精神文明建設，積極參加部隊及上海市衛生系統文明規范服務競賽活動，1996年獲上海市軍民共建先進單位、上海市衛生系統文明單位、上海市衛生系統行風檢查達標單位等稱號。被上海市衛生局、醫保局指定為醫療保險定點單位。燒傷整形專科，為武警部隊重點專業學科，擁有主任醫師、教授四名，博士兩名，碩士一名。開展各種整形外科手術，以及美容外科手術。燒傷專業的大面積燒傷救治達到國內先進水平，小兒燒傷治療形成特色。目前，已收治燒傷病人3000余例，小兒燒傷1000余例，特大面積燒傷90余例。武警上海市總隊醫院以專科建設帶動醫院全面發展，如今已形成整形美容中心、大面積燒傷及小兒燒傷救治、不育不孕癥治療、腹腔鏡微創外科等特色專科。該院至今已有32項科研項目獲武警部隊臨床成果和科技進步獎。另外，五官科自制的“五官手術牽開器”獲得國家專利。