江門市疾病預防控制中心的前身是創建于1953年的江門市衛生防疫站，從原來的一個技術力量薄弱、設備簡陋的小站，在實踐中不斷探索，逐步發展壯大。1997年通過評審，被衛生部命名為“地市級一等衛生防疫站”。
乘著衛生體制改革的春風，2002年1月8日，江門市疾病預防控制中心以原市衛生防疫站為主體，并入兩區防疫站后重新組建，與江門市衛生檢驗中心一個機構兩塊牌子，是江門五邑地區的疾病預防控制、衛生監測檢驗、科研培訓的技術指導中心。內設傳染病預防控制科、計劃免疫科、艾滋病預防控制科、性病麻風病預防控制科、寄生蟲病預防控制科、慢性非傳染性疾病預防控制科、病媒生物預防控制科、健康教育科（市健康教育中心）、消毒與醫院感染控制科、環境與學校衛生科、食品安全和地方病預防控制科、公共衛生應急科、病原微生物檢驗科、理化檢驗科、熱帶病預防控制科、辦公室、財務科、后勤保障科、科教與質量管理科、信息與網絡管理科等20個科室。
在“預防為主”的衛生工作方針指引下，我市堅持防治結合，扎實開展疾病控制各項工作，取得顯著成績，先后消滅或基本消滅了天花、血吸蟲病、絲蟲病、脊髓灰質炎等傳染病，全市已實現連續多年無白喉、乙腦、脊髓灰質炎和百日咳病例，新生兒破傷風和麻疹的發病率也控制在國家相應的標準之下，其他一些曾經危害當地群眾健康的傳染病、地方病得到有效的控制。全市食品、飲用水、公共場所、學校、醫院等衛生監測率和合格率逐年提高，公共衛生狀況不斷改善。
我中心多次榮獲全國、省、市授予的“先進單位”稱號，本中心1993年通過省計量認證；1995年被市政府授予“先進集體”、貫徹計量法先進單位；1997年通過考核評審成為地級一等衛生防疫站；通過科技事業單位檔案管理國家二級評審；1998年被江門市人民政府授予消滅絲蟲病先進集體；2000年實現消滅脊灰炎，實現消除碘缺乏病階段目標，穩定控制人間布魯氏菌病達標；2001年被省疾控中心評為“九五”期間防治腸道寄生蟲病先進單位，預防用生物制品管理先進單位；2001年獲江門市政府授予“預防和控制中小學生流行病學系列研究”二等獎榮譽證書；2002年通過廣東省衛生監督檢驗檢測機構資格認定；2003年通過廣東省計量認證轉版復審，被廣東省、江門市人民政府授予“抗‘非典’模范單位”稱號；2004年通過實驗室國家認可，并經衛生部審核通過HIV確認實驗室評審；2006、2007年通過實驗室認可委的監督評審；2007年通過ISO9001質量管理體系現場評審，2011年通過食品檢驗機構資質認定，是我省首批6個獲得食品檢驗機構資質認定機構之一，已基本具備了水質106項指標的檢測能力。

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