南苑醫院隸屬于北京市豐臺區衛生局，系1957年5月由北京市政府投資籌建的一所正規的區級綜合二級醫院。是友誼醫院定點協作社區衛生服務中心，下設8個社區服務站。醫院占地面積14350平方米。目前醫院設有內科、內二科、外科、骨科、肛腸科、婦產科、口腔科、兒科、精神科、眼科、中醫科、病理科等28個臨床和醫技科室。形成了眼病防治中心、精神病防治中心和糖尿病教育基地三大特色醫療。

眼病防治中心與同仁醫院、北京市眼科研究所、國際防盲指導中心聯合，于2001年被確定為豐臺區貧困白內障復明術定點醫院；2002年國際獅子會“視覺第一，中國行動”白內障復明術定點醫院在南苑醫院掛牌；眼病防治中心從三級醫院引進了欒秀麗主任醫師作為學科帶頭人，開展小切口白內障超聲乳化折疊晶體植入術、青光眼―白內障聯合手術、視網膜脫離手術、眼底血管熒光造影術、激光眼底治療術等眼科手術項目。

精神病防治中心以心理測試和開展精神病社區防治為主，現有病床80張。采用先進技術，實行精神病人開放式管理、綜合治療及聯絡精神醫學治療各類精神病。其中心理測試、心理治療專家門診深受患者歡迎。是豐臺區唯一一所大型精神病防治中心。

北京糖尿病教育基地于2004年12月9日在原城南糖尿病教育基地的基礎上成立，基地依托北京市糖尿病防治協會、協和、北醫專家為技術力量，由內分泌專家楊凱杰主任醫師負責基地全面工作。該基地配有時間分辨熒光分析儀、糖化血紅蛋白分析儀、彩色超聲多普勒和胰島素泵等設備，以先進的技術診治糖尿病及合并癥。

南苑醫院為滿足患者需求購置大量先進設備，如：用于全身CT掃描的美國1600―C型“CT”機；用于胃及食道疾病診斷的日本富士能W―88A型電子胃鏡；用于快速檢測血液生化成分的美國全自動生化分析儀及時間分辨熒光分析儀、彩色超聲儀、高壓氧倉、全能麻醉機、有創呼吸機、腎透析、日本OPCONOMS610型手術顯微鏡、眼底血管熒光造影儀、眼底激光治療儀、玻璃體切割儀、美國超聲乳化儀、眼科A/B型超聲診斷儀、凈膜曲率儀、日本TOPCONTRC-50EX眼底照相機、美國科以人公司生產的532nm激光光凝器、同視機等先進儀器設備，部分硬件已達國內先進水平。

近年來，院黨委重視創建文明行業，堅持以“精、慈、競、美”的院帶動的促進精神文明建設水平的提高，醫院多次被評為市、區衛生系統先進集體，是“首都文明單位”和“首都花園式單位”。