北京航天總醫院始建于1958年，隸屬于中國航天科技集團公司，是北京南郊地區規模最大的一所三級綜合性醫院。承擔著航天科技集團公司數萬名員工的職業病防治、檢工作，肩負著大型飛行試驗的醫療保障任務和廣大職工家屬以及周邊約50萬居民的醫療、護理、健康管理、預防保健工作。
北京航天總醫院地處豐臺區南苑東高地，占地面積近5萬平方米，現有16個病區，開放床位550張，分38個臨床、醫技專業科室，共有員工1180名，其中，高級專業技術人員112名，中級專業技術人員260人，碩士研究生以上學歷人員74名，其中博士學歷人員10名。
醫院設備總值逐年增長，擁有3.0T、MRI、64排螺旋CT、數字減影血管造影（DSA）、骨密度儀、高壓氧艙等大型設備，建成了HIS醫院信息系統、LIS檢驗系統和RIS放射信息系統，并成為北京市首批實施醫療保險持卡實時結算的試點醫院之一。
院內設有中國航天科技集團公司的工業衛生職業病防治中心、體檢中心和醫學影像中心、關節鏡中心、口腔醫學治療中心和《中國現代醫藥》雜志編輯部。建有國家級酶學校準實驗室，擁有國家衛生部批準的3個專科醫師培訓基地，是中國協和醫科大學、南京醫科大學的臨床教學醫院，是北京大學醫學部教學培訓基地，也是鄭州大學和遵義醫學院碩士研究生培養基地。
北京航天總醫院長期與各大醫院進行業務交流與合作，開設專家診區，常年聘請北京協和醫院、北京腫瘤醫院、天壇醫院、兒童醫院、阜外醫院、中日友好醫院、婦產醫院、同仁醫院等醫療機構的100余位知名專家教授來我院坐診和業務指導。我院在急性腦栓塞超早期溶栓治療、人工關節置換術、人工血管搭橋術、腹腔鏡、宮腔鏡等微創技術已達到或接近國內先進水平；在冠心病介入治療、頸動脈狹窄、顱內動脈瘤、肝癌、子宮肌瘤等介入治療取得豐富經驗。到目前為止醫院成功舉辦兩屆“全國骨科臨床解剖培訓班”；先后選派60人到美國、歐洲、香港、澳門等國家和地區進行學術交流，并與華中科技大學聯合開辦了研究生學習班，與南卡羅來納大學、克萊門森大學、哈佛大學等美國知名高校醫學院簽訂了學術交流協議。
隨著航天事業的飛速發展和區域人口的日益增加，北京航天總醫院不斷拓展服務功能，提高服務質量，提高救治能力。本著“為航天事業服務、為人民健康服務”的使命，實踐“仁愛、求精、團結、奉獻”的醫院精神，正朝著“南郊地區特色一流、北京同級同類領先、全國范圍知名的大型綜合醫院”的目標邁進。